Das dreischiffige gotische Langhaus wurde in den Jahren 1466 bis 85 unter dem Wiener Dombaumeister Laurenz Spenning errichtet. Erst nach 1500 konnte die Kirche durch Einwölbung des Chores fertiggestellt werden.
Neben ur- und frühgeschichtlichen Funden aus der Umgebung ist hier auch römische Siedlungstätigkeit seit Kaiser Vespasian (69-79 n. Chr.) nachweisbar. Die günstige Lage an der Donau und zuführende Handelsstraßen bewirkten schon sehr früh die Entstehung eines Umschlagplatzes an der Donau im Schutze einer karolingischen Burgsiedlung mit dem Namen "Eparesburg".
Die Stadt wurde wiederholt von schweren Bränden und Hochwasserkatastrophen heimgesucht. Nur sieben Häuser überstanden zum Beispiel die Brandkatastrophe vom 17. Juni 1716, der 53 Häuser zum Opfer fielen. Bei einem weiteren Großbrand am 16. Juni 1868 wurde wiederum die ganze Stadt vernichtet. Bis heute hat sich die Stadt Ybbs wirtschaftlich und baulich - insbesondere jedoch als Schulstadt - gut entwickelt.
