Die Pfarrkirche Stein – St. Nikolaus wurde im 12. Jahrhundert zum ersten Mal urkundlich genannt,bereits 1263 mit Pfarrrechten ausgestattet. Bis zum Ende des 16. Jahrhunderts war die Kirche eine Vikariatskirche von Krems. Der gotische Chor aus der zweiten Hälfte des 14. Jahrhunderts und die spätgotische Staffelhalle aus der zweiten Hälfte des 15. Jahrhunderts haben einen spätgotischen Westturm. Im 18. Jahrhundert wurde die Kirche barockisiert und um 1900 regotisiert. Erst im Winter 2019 wurde die Innenrenovierung abgeschlossen.
Das Langhaus und der Chor zeigen sich mit wuchtigen zweifach abgetreppten Strebepfeilern. Unter der Traufe sind eine Reihe von Rechteckluken. Die spätgotischen dreibahnigen Spitzbogenfenster haben ein reiches variables Maßwerk mit Dreipass- und Vierpass- und Fischblasenformen. Westlich sind Dreipassfenster teils vom Turm überschnitten. Es gibt ein umlaufendes Sockelgesims und Kranzgesims. Das Südportal mit einem Keilstein stammt aus der ersten Hälfte des 18. Jahrhunderts. Der zweijochige Chor weist einen Fünfachtelschluss auf. Nördlich am Langhaus ist ein zweigeschoßiger Anbau aus 1464. Der südliche neugotische Anbau entstand um 1901. Das barocke Glockengeschoß (um 1711/1714) mit Eckvasen entstand nach den Plänen des bekannten Baumeisters Jakob Prandtauer und trägt einen Zwiebelhelm mit Laterne. Das südseitige mächtige Spitzbogenportal zeigt eine Kielbogenrahmung mit Fialen und Kreuzblumen. Das nördliche Spitzbogenportal ist vermauert. Es gibt zahlreiche sehenswerte Grabsteine, die in die Außenwände eingelassen sind. Die dreischiffige vierjochige Staffelhalle hat profilierte Spitzbogenarkaden auf Achtseitpfeilern, das Mittelschiff hat ein Netzrippengewölbe, die schmäleren Seitenschiffe haben längsoblonge Kreuzrippengewölbe, und zeigen nördlich an den Schlusssteinen reliefierte Wappen.
In der Kirche findet man mehrere Werke von Martin Johann Schmidt, des "Kremser Schmidt". Es sind dies ein Gemälde des Hl. Nikolaus, die Taufe Jesu sowie die beiden Gemälde am Nepomukaltar.
2020 wurde die ehemalige Alte Sakristei in eine Marienkapelle umgewandelt. Damit ist die Stuckdecke von Meister Flor wieder für Gläubige und Besucher zu sehen, außerdem fanden hier eine Marienstatue aus dem Rokoko sowie ein Mariengemälde und ein gotisches Kreuz ihr neues Zuhause. Von der Marienkapelle aus kommt man über eine Treppe ins Oratorium, das nunmehr als kleines Pfarrmuseum genutzt wird.
Vis-a-vis der Kirche befindet sich der Pfarrhof Stein. Auch die Fassade dieses Gebäudes wurde von Meister Johann Michael Flor gestaltet.