Die Herkunft des im deutschsprachigen Raum verwendeten Names "Donau" und der englische Begriff "Danube" ist nicht eindeutig geklärt.
Man vermutet, dass der Begriff "Donau" aus der Sprache der Kelten entlehnt ist, die einst im Quellgebiet lebten. Da gab es "Dona-aw" für "tiefes Wasser" und "Do-avv" für "zwei Wasser", was sich auf die beiden Quellflüsse beziehen könnte. "Danube" dagegen hat seinen Ursprung im indogermanischen "danu", was so viel heißt wie Fluss.
Auch die Römer hatten einen Gott des Wassers, sie nannten ihn "Danubius". In frühen Urkunden wird der Fluss "Tonach" genannt, später auch "Donaw" und ab 1763 schließlich "Donau".