Die barocke Stadtpfarrkirche von Traismauer weist ebenfalls eine lange Geschichte auf. Zu Beginn des 9. Jahrhunderts war Traismauer ein Hauptort in der östlichen Grafschaft von Karl dem Großen. So empfing im Jahr 833 der aus Mähren geflüchtete Fürst Privina in der damaligen Martinskirche zu Traisma die Taufe. An dieses historische Ereignis erinnert heute der 1999 errichtete „Pribina-Brunnen“ vor der Stadtpfarrkirche.
Nachdem der erste Kirchenbau aus Holz abgebrannt war, wurde auf den Überresten um 1293 eine neue Pfarrkirche im spätromanischen Stil aufgebaut. Die ursprüngliche Martinskirche wurde mehrmals umgebaut, zuletzt im Stil des Barock. Nach einem jahrelangen Rechtsstreit zwischen dem an das Erzbistum Salzburg verschenkte Traismauer und dem vom Bistum Passau errichtete Augustiner-Chorherrenstift St. Georgen an der Traisenmündung im 12./13. Jahrhundert, verzichtete Salzburg auf das Martinspatrozinium und wählte den salzburgischen Hl. Rupert zum Titelheiligen der Kirche.
Als Fundgrube für Archäologen haben sich die Ausgrabungen unter der Pfarrkirche Traismauer erwiesen. Die Kirche wurde 1975 renoviert, und die dabei im Kirchenschiff freigelegten Mauerzüge und Estrichböden ließen einen tiefen Einblick in die Geschichte von Pfarrkirche und Ort Traismauer zu. Die ältesten Überreste sind jene von dem römischen Militärlager Augustianus aus dem 1. Jahrhundert nach Chr. im antiken Tragisamus. Ursprünglich befand sich hier die Kommandatur des Lagers.
In der sogenannten Unterkirche wurde auch das Grab eines ca 30-jährigen Mannes freigelegt. Dabei handelt es sich um Grenzgraf Cadaloc – ein Verwandter der Frau von Karl dem Großen – welcher im Jahr 802 bei Güns durch eine Pfeilspitze, bei der Verteidigung gegen die Awaren aus dem Osten, getötet wurde. Die Grabkammer mit 6x6 Metern, die erhaltenen Zähne sowie Gold- und Silberfäden in der Kleidung weisen auf eine hochgestellte Persönlichkeit bei den Karolingern hin.